【年間420万円削減】開業医が医療法人化で得する所得ラインは「1,500万円」だった

開業医が「そろそろ医療法人化かな?」と思ったら読む記事【2025年版】
こんにちは。医療法人設立を専門とる行政書士の鈴木慎一ことシンです。
先日、開業３年目の内科クリニックの院長先生からこんな相談がありました。
「税理士から『そろそろ法人化を考えては?』と言われたんですが、何から始めればいいのか…正直、よく分からなくて」
実は、この相談とても多いんです。
開業して軌道に乗ってきた頃、多くの院長が直面するのが「医療法人化すべきか否か」という判断。今日はこの疑問に、医療法人設立の実務経験が豊富な行政書士の立場から、できるだけ分かりやすくお答えします。

まず結論:こんな院長は今すぐ法人化を検討すべき
以下に3つ以上当てはまるなら、法人化のタイミングです。

☑ 年間の課税所得が1,500万円を超えている
☑ 配偶者や家族が実際にクリニックの運営に関わっている
☑ 開業して3年以上経ち、経営が安定している
☑ 「税金が高すぎる」と年に何度も感じる
☑ 将来、お子さんにクリニックを継がせたい
☑ いずれ分院展開を考えている
☑ スタッフ採用で「福利厚生が弱い」と感じている

1つでも「これ、自分だ」と思った方は、このまま読み進めてください。

なぜ院長たちは法人化で悩むのか?
私がこれまでたくさんの医療法人設立をサポートしてきて気づいたのは、多くの院長が同じポイントで立ち止まっているということです。

悩みポイント1:「本当に得するの?」
税理士から「法人化がお得です」と言われても、具体的にいくら変わるのかイメージできない。シミュレーションもらっても数字ばかりで…
→ 安心してください。実際の事例でお見せします(後述)

悩みポイント2:「手続きが面倒そう」
「書類が山ほどあるんでしょ?」「何ヶ月もかかるんでしょ?」
→ 確かに書類は多いです。だからこそ、行政書士の出番なんです

悩みポイント3:「今じゃなくてもいいかな…」
「もう少し様子を見てから」と先延ばしにしている間に、毎年数百万円の税金を余分に払っているケースも。

【実例】法人化で年間420万円の節税に成功したBクリニック
千葉県内で開業している内科クリニックB院長(40代男性)の実例をご紹介します。
Before:個人開業時代

・年間課税所得:2,200万円
・所得税・住民税:約820万円
・院長の妻が受付・経理を担当(専従者給与100万円)
・「半分近くが税金で消える…」という悩み

After:医療法人化後(初年度)

・院長給与:1,200万円
・妻への給与:600万円(理事として)
・法人所得:400万円
・合計税負担:約400万円(▲420万円の削減)

この院長、最初の相談時は「法人化って大企業がやるものでは?」と半信半疑でした。でも、シミュレーションを見て即決。
「もっと早く相談すればよかった」というのが、設立後の第一声でした。

さらに追加効果

・妻への給与を正当に支払えることで家計が明確に
・退職金制度を設定し、将来の引退資金を計画的に準備
・スタッフ募集時の反応が明らかに向上(「社会保険完備の法人」というだけで)

医療法人化の5大メリット(行政書士目線で解説)
メリット1:所得の分散で税負担を大幅削減
個人事業だと、いくら稼いでも全て院長個人の所得。所得税の最高税率は**45%**です。
医療法人なら:

・院長への給与を適正額に設定
・配偶者を理事にして給与を支払い
・法人に残った利益には法人税率(最大23.2%)

この差が、年間数百万円の違いを生みます。

メリット2:退職金という最強の節税ツール
個人事業主には退職金という概念がありません。でも医療法人なら:

・院長が将来受け取る退職金を経費にできる
・退職金は所得税上も優遇(退職所得控除)
・例:勤続30年、退職金3,000万円の場合、税負担は約30万円程度

通常の給与なら数百万円の税金がかかるところが、退職金なら大幅に軽減されます。

メリット3:事業承継がスムーズ
・「いずれ息子に継がせたい」と考えている院長へ。
・個人開業の場合:

クリニックの資産、負債、契約など全てを個人で承継
相続時に多額の税金が発生する可能性

医療法人の場合:

出資持分を段階的に贈与できる
早めの対策で相続税を大幅に圧縮
事業の継続性が保たれる

私が実際にサポートした案件では、計画的な承継で相続税を約2,000万円削減できました。

メリット4:社会的信用の向上
「そんなの関係ないでしょ」と思いますか?
実は:
・銀行からの融資条件が有利に
・大型設備投資の際、個人より法人の方が審査が通りやすい
・優秀なスタッフが集まりやすい(「法人」という安心感)
・他の医療機関との連携がスムーズに

メリット5:分院展開が可能に
・個人開業では原則、本人が常勤する1ヶ所のみ。
・医療法人なら複数のクリニックを運営可能です。将来の事業拡大を考えているなら、法人化は必須です。

正直に話します:医療法人化のデメリット
良いことばかりではありません。行政書士として、デメリットもきちんとお伝えします。
デメリット1:初期費用がかかる
設立には以下の費用が必要です:

・定款認証費用:約5万円
・登録免許税:約6万円
・行政書士報酬:60万〜120万円(サポート内容による)
・その他諸費用:10万〜20万円

合計:80万〜150万円程度
ただし、これは「初期投資」です。年間の節税効果が200万円以上なら、1年以内に回収できます。

デメリット2:社会保険料の負担増
法人化すると、院長とスタッフは健康保険・厚生年金の加入が義務に。
個人開業時代は国民健康保険だった院長も、健康保険に切り替わり、社会保険料が増加します。
ただし:
・将来の年金受給額が増える
・スタッフの定着率向上につながる
・トータルで見れば、税金削減額の方が大きいケースが多い

デメリット3:事務負担の増加
法人になると:
・決算書類が複雑に
・都道府県への報告義務
・理事会の議事録作成

→ これらは税理士・行政書士がサポートします。実際の負担はそれほど大きくありません。

デメリット4:お金の自由度が下がる
法人のお金は「法人のもの」。個人のように自由に使えません。
でも考えてください:

・きちんと給与として受け取れば問題なし
・むしろ公私の区別が明確になり、経営が健全化
・税務調査でも安心

「法人化しない方がいい」ケースもあります
正直にお伝えします。以下に当てはまる場合、法人化は時期尚早かもしれません。

・年間課税所得が1,000万円未満
・開業して1〜2年、まだ経営が不安定
・一人診療で家族の関与もなし
・近い将来(3年以内)に閉院予定

**無理に法人化する必要はありません。**タイミングが来たら、また検討しましょう。

医療法人設立の流れ(所要期間:約6〜8ヶ月)
実際の手続きをザッと説明します。
STEP1:事前準備・相談(1ヶ月)
・現状分析とシミュレーション
・法人化の可否を判断
・定款の骨子作成

STEP2:都道府県との事前協議(1〜2ヶ月)
・設立計画書の作成・提出
・行政との打ち合わせ
・必要書類の準備

STEP3:設立認可申請(2〜3ヶ月)
・正式な申請書類の提出
・審査期間(都道府県により異なる)
・認可書の交付

STEP4:法人登記(2週間)
・法務局への登記申請
・登記完了

STEP5:事後手続き(1ヶ月)
・保健所への開設許可申請・廃止届
・各種届出(税務署、年金事務所など)
・診療報酬請求の変更手続き

**正直、書類は膨大です。**でも、これが私たち行政書士の仕事。院長は日々の診療に集中していただき、手続きは私たちにお任せください。

よくある質問TOP5
Q1:一人でも法人化できますか?
**A:できます。**実際、一人医師の法人化は多いです。ただし、理事は最低3名必要なので、配偶者や親族に協力してもらうケースが一般的です。

Q2:歯科医院でも同じですか?
**A:基本的に同じです。**ただし、歯科の場合は設備投資が大きいため、法人化のメリットがより大きくなることも。

Q3:法人化後、個人に戻せますか?
**A:理論上は可能ですし、個人事業主に戻した先生もいますが、現実的には困難です。**法人化は「一方通行」と考えてください。だからこそ、事前のシミュレーションが重要なんです。

Q4:いつから準備を始めるべき?
**A:法人化したい時期の約1年前から。**例えば「来年4月に法人化したい」なら、今年の4月頃から準備開始が理想です。（都道府県により、年会の受付回数・申請時期が違います）

 

無料の法人化シミュレーションを実施中
「自分のクリニックは法人化すべき?」
「具体的にどれくらいの節税になる?」
そんな疑問を持つ院長のために、無料の法人化シミュレーション相談を実施しています。
シミュレーションで分かること:
✓ 現状と法人化後の税負担比較(具体的な金額)
✓ 法人化のベストタイミング
✓ 必要な手続きと費用の詳細
✓ あなたのクリニック固有の注意点
こんな院長におすすめ:

とりあえず話だけでも聞いてみたい
他の行政書士の見積もりと比較したい
本当に信頼できる専門家を探している
忙しいので、できるだけ丸投げしたい

最後に:法人化は「投資」です
院長の皆さんは、日々、医療技術への投資、設備への投資、スタッフ教育への投資を行っています。
法人化も同じく「投資」です。
初期費用はかかりますが、それを大きく上回るリターンがあります。そして、何より大切なのは「タイミング」。
早すぎても、遅すぎてもいけない。
「そろそろかな?」と思ったら、それがベストタイミングかもしれません。
まずは気軽に相談してください。無理に法人化を勧めることはしません。現状を分析して、「今すべき」「もう少し待つべき」を正直にお伝えします。

ご相談・お問い合わせ

SHIN社会保険労務士・行政書士事務所
お問合せはこちら問い合わせ

または

医師専用フリーダイヤル　0120-557-009

ask@shin-silc.jp

追伸:迷っている時間がもったいない
最後に、これだけは覚えておいてください。
「もう少し様子を見てから」と1年先延ばしにすると、数百万円の節税機会を失います。
あなたのクリニックにとって、今が法人化のタイミングかどうか。それを判断するために、まずは無料シミュレーションを受けてみてください。
あなたのクリニックの未来を大きく変えるかもしれません。
お待ちしています。