クリニック業界では、都内在住の医師がつくば市・木更津市など郊外の医療機関へマイカーで高速通勤するケースが珍しくありません。
このような“遠距離通勤者を多く抱える医療法人・クリニック”にとって2025年の通勤手当非課税枠の改正は、年末調整や就業規則に直接影響します。
本記事では、クリニック特化の社労士の視点から、院長が最短で理解できるように必要な実務ポイントだけを整理しました。
1. 医師の通勤費がクリニック経営に直結する理由
医療業界では、
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都内→つくば市（片道60km）
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都内→木更津市（片道50km）
といった遠距離のマイカー通勤が増えています。
この層は通勤手当が高額になるため、
非課税枠の改正＝クリニックの給与計算に大きな影響
という構図になります。
2. 非課税制度の基本
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一定額までは税金がかからない
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上限を超えた部分だけ課税
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距離で決まる（高速料金は関係なし）
3. 改正ポイントをコンパクトに
改正は以下の3点が重要：
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11年ぶりの非課税枠引き上げ
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遠距離ほど増額幅が大きい（最大＋7,100円）
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4月にさかのぼって適用される
この“さかのぼり適用”が年末調整の負荷を増やします。
4. 遠距離通勤の医師を例にした実務インパクト
●ケースA：つくば市勤務
非課税枠：31,600 → 38,700円
➡ 全額非課税に“収まりやすい”
●ケースB：木更津市勤務
非課税枠：28,000 → 32,300円
➡ 非課税枠にゆとりが生まれる
5. 年末調整で起きること
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本来非課税だった部分まで課税されていた可能性
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年末調整で還付対応
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途中退職者は源泉徴収票を訂正して再発行
医療法人は途中退職者も多いため注意が必要です。
6. 院長が今すぐチェックすべき点
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高速代の扱い（給与扱いになっていないか）
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通勤経路申告の更新
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就業規則の通勤手当規定
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年末調整の計算方法
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退職者対応フロー
■まとめ
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今回の改正は遠距離マイカー通勤の医師が最も影響を受ける
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年末調整で還付・訂正が起きるため、院長の管理業務に直結
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高速利用の通勤手当ルール・就業規則が古いクリニックは要注意
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このタイミングで通勤手当全体の整理を行うことで、後のトラブルを大幅に減らせる
当事務所のサポート
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非課税枠の適用確認
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高速利用時の通勤手当ルール整備
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年末調整実務のサポート
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源泉徴収票の訂正
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就業規則の通勤手当規定の作成・改訂
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