2026年「労働基準法大改正」がクリニック経営に与える影響
開業３年目の院長が“今”取り組むべき５つの実務対応
都内23区でクリニックを開業して３年目。
患者数が増え、スタッフ数も定着しつつある――
その一方で、
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シフトがギリギリ
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残業管理が不明確
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有給管理が追いついていない
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顧問税理士からは「一般的な回答」しか得られない
そんな状態で運営されている院長は少なくありません。
このような状況に追い打ちをかけるように、
2026年に予定されている「労働基準法大改正」 が、クリニック経営にも大きな影響を与える見込みです。
今回の改正は“数十年に一度レベル”と言われ、
従来の働き方・シフト運用・労務管理の仕組みが 根本から見直し対象 となる可能性があります。
特に、
「小規模なクリニックほど影響が強い」 という点が非常に重要です。
本記事では、
クリニック労務に精通した社労士の視点から、
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改正の重要ポイント
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クリニックへの影響
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開業３年目の院長が取るべき実務ステップ
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対応を怠った場合のリスク
を、分かりやすく・体系的に解説します。
■１．2026年の労働基準法大改正 ― クリニックが押さえるべき５つのポイント
今回の改正案は非常に多岐にわたりますが、クリニック経営にとって特に重要な点を ５つだけ 抽出して整理します。
【ポイント１】連続勤務の上限「13連勤まで」に
現行の法律では、理論上は「24連勤」も可能でした。
しかし改正案では、
14日以上の連続勤務は禁止
→ 最大「13連勤」まで
という方向性が示されています。
●クリニックへの影響
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院長自身が“実質無休”で働くケース
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看護師や医療事務がシフトの都合で連続勤務に
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非常勤スタッフが連続出勤しがち
こうした運用は、今後 法令違反のリスク が高まります。
【ポイント２】勤務間インターバル「11時間以上」
終業から次の始業までに 最低11時間 の休息を確保するという制度です。
●典型的なNG例
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夜間診療で21:30まで → 翌朝9:00出勤
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月末レセプト業務で遅くなり、翌日は朝イチから勤務
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看護師が19:00退勤 → 翌朝7:30準備出勤
いずれもインターバル不足となり、運用改善が求められる可能性があります。
【ポイント３】法定休日の明確化
「週休２日」はただの慣例であり、
“どの日が法定休日か”を明確に定めることが義務化される方向 です。
例：
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日曜が法定休日
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水曜午後はクリニックの任意休日（法定外）
●注意点
法定休日に勤務した場合は 35％の割増賃金 が必要。
この運用を誤ると、未払い残業として問題化しやすいため注意が必要です。
【ポイント４】有給休暇の賃金計算方法の統一
これまで複数方式が認められていた有給休暇の賃金計算が、「通常賃金方式」へ一本化される可能性 があります。
特に時給制スタッフが多いクリニックでは、有給取得時の支払額が増える ケースが発生します。
【ポイント５】10人未満の「週44時間特例」が廃止へ
現在、従業員が10人未満の事業所は、
週44時間までは「法定労働時間」
として扱う特例があります。
しかし、これが廃止され、
週40時間を超えたら残業扱いに
なる可能性が高まっています。
●クリニックで最も大きな影響
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スタッフの残業代が増える
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シフト再構築の必要
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人件費の上昇
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院長の事務負担増大
「特例だから大丈夫」という考えは、通用しなくなる可能性があります。
■２．なぜ今回の改正は“クリニックほど影響が大きい”のか？
理由は３つあります。
理由１：クリニックの労務管理は「少人数×多職種」で複雑
看護師・医療事務・クラーク・受付・非常勤医など、
少人数で多職種を運営しているため、
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誰かが1人休むと回らない
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シフトが固定化されやすい
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連続勤務や休息不足が生じがち
という構造的な問題があります。
理由２：院長自身が「労務総責任者」を兼ねている
特に開業３年目は、
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採用
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シフト管理
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有給調整
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残業チェック
の多くを「院長の感覚」で運用しているケースがほとんど。
ここに法改正が重なると、
急激に負担が増え、労務トラブルのリスクが跳ね上がります。
理由３：顧問税理士は“労務管理の専門家”ではない
税理士は「数字と税務の専門家」です。
しかし、次の領域は社労士の専門分野です。
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就業規則
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雇用契約
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割増賃金
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シフト設計
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労基署対応
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労働時間の法解釈
つまり、
税理士の回答だけでは、改正対応として不十分 というのが現実です。
■３．開業３年目の院長が「今すぐ」取り組むべき５つのステップ
ここからは、
“やるべきことの順番” を具体的に整理します。
◆STEP１：現状把握
まずは「数字」と「ルール」の棚卸しです。
●確認すべき項目
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スタッフの1日・1週間の労働時間
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連続勤務日数
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勤務間インターバルの実態
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法定休日の設定有無
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有給の付与・管理・未消化状況
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業務委託・非常勤医との契約内容
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シフトの属人性（誰かがいないと回らない状態）
ここを“見える化”しないと、対応策が立てられません。
◆STEP２：2026年改正を前提にした「収支シミュレーション」
法改正後のシフト・人件費を試算します。
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週40時間超の残業代
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法定休日勤務の割増
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有給休暇の賃金増
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インターバル確保のための人員増
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夜間診療・土曜診療の見直し
ここで、
「今の働き方を続けるとどうなるか？」 が明確になります。
◆STEP３：働き方を“再設計”する
ここがもっとも重要です。
●具体的には
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夜間診療の時間短縮
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予約枠の効率化
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事務作業のDX化・外注化
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看護師と事務の役割整理
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業務マニュアルの整備
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5人→4人で回すためのタスク見直し
生産性を上げる“診療フロー改善” が必須です。
◆STEP４：就業規則・契約書のアップデート
今回の改正では、以下の文言が不可欠になります。
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法定休日
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勤務間インターバル
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連続勤務の制限
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副業・兼業のルール
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休日・深夜割増の扱い
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非常勤医・業務委託者との関係整理
就業規則は「形式だけ」ではなく、クリニックの実情に合わせた“実務で運用できる規則” が必要です。
◆STEP５：勤怠管理システムの強化
改正後は、紙や感覚での勤務管理は危険です。
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残業
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休憩
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休日勤務
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インターバル
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シフト実績
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打刻漏れ
これらを“自動で判定できる仕組み”にすることが、
法対応＋スタッフ定着 の両方に直結します。
■４．対応を怠った場合のリスク
院長が一番知っておくべき「改正に対応しなかった場合」のリスクは次のとおりです。
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未払い残業による労基署調査
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過去２年分の遡及請求（数百万円単位）
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スタッフ離職（看護師離職は経営に直撃）
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口コミ低下
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採用力の低下
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院長自身の過労
特に、
“労務で問題を起こすと採用が難しくなる”
これは近年のクリニック経営で非常に重要なポイントです。
■５．まとめ：2026年改正は「クリニックを整える最大のチャンス」
2026年の労働基準法大改正は、
クリニックにとって リスク であるのと同時に、働き方・仕組みを改善する絶好の機会 でもあります。
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スタッフが辞めない
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法令違反の不安がない
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人件費の見通しが立つ
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院長が診療に集中できる
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患者満足度が高まる
こうした“強いクリニック運営”を実現するためにも、
今から準備を進めることが最も効率的で安全 です。
当事務所では、
クリニック労務に特化した以下のサポートを行っています。
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就業規則の見直し・作成
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労働時間・シフト設計
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契約書の整備
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勤怠管理システムの導入支援
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労働時間シミュレーション
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スタッフ定着コンサルティング
「うちのクリニックはどこから改善すべきか？」
「今のルールで改正を乗り越えられるのか？」
といったご相談があれば、どうぞお気軽にお問い合わせください。
院長先生のクリニックが、
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